اهداف سازمان :

1 - طراحی سیستم آموزشی، پرورشی، و توانبخشی به نحوی که ناتوانیهای ذهنی و جسمی کودکان و دانش‌آموزان استثنایی جبران گردد و آن‌گونه کودکان و دانش‌آموزان بتوانند پس از گذراندن مراحل تحصیلی خود موقعیت اجتماعی و اقتصادی مناسب شرایط خویش را به دست آورند.

2 - تغییر و اصلاح مداوم آموزش و پرورش استثنایی با توجه به روشهای نوین آموزش و پرورش استثنایی در جهان و نیازهایی که آن گونه کودکان‌و دانش‌آموزان در ارتباط با شرایط خاص جامعه دارند.

3 - آموزش و پرورش گروههای مختلف کودکان و دانش‌آموزان استثنایی با توجه به نیازهای خاص هر گروه در سطوح قبل از دبستان، ابتدایی، ‌راهنمایی و متوسطه و با تأکید خاص بر آموزش حرفه‌ای و تلاش برای تحت پوشش قرار دادن کلیه این گونه کودکان و دانش‌آموزان.

4 - کمک به پیشگیری از بروز ناتوانیهای جسمی و ذهنی، قبل از تولد، هنگام تولد و بعد از تولد از طریق بالا بردن سطح آگاهی عمومی در زمینه‌عوامل بروز معلولیتها و خصوصیات کودکان استثنایی.